بررسی اثر جهش H230M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی
Authors
Abstract:
در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن میشود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H230M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهشیافته در حضور غشاء دولایه POPC با استفاده از gromacs نسخه 5.1.4 شبیهسازی میشود. تغییرات ساختاری پروتئین جهشیافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیهوتحلیل پروتئین‌های وحشی و جهشیافته نشان میدهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ میکند. به نظر می‌رسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون میشود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیهسازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان میدهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک میکند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقالالکترون ارائه میدهد.
similar resources
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textتحلیل مقاومت جریان آب در نانوکانالها با استفاده از شبیهسازی غیر تعادلی دینامیک مولکولی
در این مقاله، از شبیه سازی غیر تعادلی دینامیک مولکولی جهت مطالعه تأثیرات خواص سطح و دمای سیستم بر رفتار هیدرودینامیکی و انتقال حرارتی مولکول های آب در نانو کانال استفاده شده است. در این مطالعه که بر اساس شبیه سازی دینامیک مولکولی است از پتانسیل الکتریکی و پتانسیل لنارد- جونز برای مدل کردن برهم کنش های بین ذرات استفاده شده است. نیروهای خارجی به مرکز جرم هر یک از مولکول های آب در جهت محور xاعمال ...
full textبررسی اشاعه ترک در نانوکریستال آهن- نیتروژن به روش شبیهسازی دینامیک مولکولی
در سالهای اخیر فوالدهای نیتروژن دار به دلیل داشتن خواص خوبی از استحکام و انعطاف پذیری مورد توجه محققان و متخصصان صنعتی قرار گرفته است. شناسایی خواص مکانیکی فوالدهای نیتروژن دار به منظور استفاده از این آلیاژها با قابلیت اطمینان باال در تجهیزات مختلف از اهمیت باالیی برخوردار است. در این میان توانایی مقاومت ماده در برابر اشاعه ترک، از پارامترهای مهم به شمار می رود. هدف از این پژوهش، شبیهسازی اشاعه...
full textبررسی فرآیند ذوب پریلین با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی
Melting process of perylene is investigated using molecular dynamics simulation. Some of thermodynamic properties such as potential energy and transition order parameter are calculated as a function of temperature in the range of 500 K-600 K. These calculations are performed by two different methods in NPT and NVT ensembles. The selected interaction potential is Re-squared and the simulations a...
full textبررسی میانکنش پپتید ضد میکروبی سیکلوویولاسین o2 با غشا باکتری با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی
چکیده سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند و دارای طیف وسیعی از فعالیت های زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی، ضد تومور، حشره کشی وAnti-HIV می باشند. با توجه به افزایش باکتری های مقاوم به دارو، جامعه ی جهانی در حال رویارویی با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس می شود. سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک، پتانسیل بالایی ...
full textMy Resources
Journal title
volume 9 issue 2
pages 37- 47
publication date 2020-10-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023